Bonnín se formó en el Institut del Teatre de la Diputación de Barcelona hasta convertirse en profesor en 1962. A partir de 1967 dirigió la RESAD de Madrid, y desde 1971 volvió a Barcelona para hacerse cargo de la Institut del Teatre. Él y su equipo proveniente del teatro independiente, convirtieron en diez años el Institut en un modelo que invirtió la vida escénica catalana. No se quería seguir ninguna tendencia estética ni ninguna escuela, sino ofrecer a los estudiantes la mejor formación técnica posible y hacerlo desde una visión de estudios superiores. Posteriormente, Bonnín dirigió el Centro Dramático de la Generalitat con el mismo espíritu de renovación. También fue cofundador y director artístico del Brossa Espai Escènic de Barcelona, y desde 2011 director artístico de La Seca Espai Brossa.
En 2013 recibió el Premio Nacional de Cultura en reconocimiento a su labor, y en 2019 fue nombrado miembro de Honor de la Academia del Cine Catalán.
El Institut del Teatre dedicó a Bonnín el segundo volumen de la colección Conversaciones bajo el título «Hermann Bonnín. El método de saber escuchar » . El libro, a cargo de Jordi Coca, se presenta en formato de entrevista y repasa la evolución personal de Bonnín, su entrega al teatro, y la obra trascendente de un hombre que, desde la discreción, cambió de manera esencial las bases de las artes escénicas en Cataluña.